Aproximadamente cinco años han pasado desde la batalla titánica contra Majin Buu, que determinaron el destino de todo el universo.
Desde el Planeta Sagrado Kibitoshin y Kaio Shin anciano telepáticamente discuten con Kaio del Norte sobre el temprano despertar de Bills. Goku está visitando el planeta del Kaio del Norte para entrenar y, mientras está corriendo con Bubbles, oye por casualidad la conversación. Kaio del Norte entonces explica que hay dioses que dan nacimiento a formas de vida y mundos pero a diferencia de ellos hay dioses que mantiene el balance destruyéndolas, el bien llamado Dios de la Destrucción. Eufórico por la idea de un enemigo tan poderoso, Goku afirma que desea desafiar a Bills, pero el Kaio del Norte procede a regañarlo, revelándole que el Dios de la Destrucción Bills tiene un poder que está en una dimensión completamente diferente. En el mundo de los Kais, Kibitoshin y Kaio Shin anciano se preguntan cuántos planetas serán aniquilados ahora que el Dios de la Destrucción ha despertado. Wiss y Bills en el Planeta Kaio
Bills, un Dios de la Destrucción encargado de mantener el equilibrio en el universo, despierta de un largo sueño. 39 años antes, el Pez Oráculo predijo que un adversario poderoso aparecería ante él, el Súper Saiyajin Dios. Ahora, al oír rumores de que un Saiyajin derroto al señor galáctico Freezer, Bills sigue la pista de este guerrero, Goku.
Este llega al Planeta Kaio con su aliado, el misterioso Wiss, Bills procede a desafiar a Goku.
Eufórico por el nuevo desafió, Goku no hace caso a los consejos de Kaio Sama y combate contra Bills, pero termina abrumado y derrotado. Bills entonces sale en busca de adversarios más poderosos de la Tierra.
Kaio Sama advierte a Vegeta de la llegada de Bills, pero Vegeta no se preocupa demasiado.
Mientras tanto, en la Corporación Cápsula, Bulma celebra su cumpleaños y los Guerreros Z disfrutan de la fiesta. Piccolo canta karaoke, aparece Gohan borracho como Gran Saiyaman, la Banda de Pilaf aparecen convertidos en niños, ya que reunieron todas las esferas del dragón y desearon ser jóvenes pero Shenron los hizo demasiado jóvenes, y una mujer policía llega en su motocicleta a la Corporación Cápsula en un punto durante la fiesta.
La Banda de Pilaf logra colarse en la fiesta para robar las Esferas del Dragón, pero Bulma no los reconoce y los invita a la fiesta. Gohan estando borracho le pide a Mai que le dispare y con un dedo repele las balas, pero una golpea la pierna de Videl. Mientras la cura, Dende se da cuenta de que Videl está embarazada. La llegada del Dios de la Destrucción interrumpe la fiesta, y parece que Vegeta ya sabe de Bills. Vegeta muestra todo su entusiasmo y deja a un lado su orgullo para poner a los participantes no anunciados en la fiesta de buena manera.
Sin embargo, cuando Bills le pide a el Sr. Boo uno o dos pasteles, este se los come todos y desata la ira del Dios de la Destrucción, el cual decide destruir la Tierra. La Androide 18, Ten Shin Han, Piccolo, Gotenks, Gohan, y Vegeta empiezan una lucha contra él y el Dios de la Destrucción fácilmente los derrota uno tras otro. Mientras tanto, Wiss goza de sushi en un restaurante cerca de la Corporación Cápsula, sin molestarse siquiera en mirar las batallas que se desarrollan
Cuando el Dios de la Destrucción golpea a Bulma, Vegeta se enoja y le da el poder suficiente para resistir a Bills. Goku llega a decir que el poder de Vegeta ha superado el suyo. Goku decide utilizar las esferas del dragón para preguntarle a Shenron como llegar al estado de Súper Saiyajin Dios. Él y sus amigos convocan a Shenron, y el dragón revela que necesitan la potencia de seis Saiyajins de corazón puro. Goku se enfrenta a Bills de nuevo y libran una intensa batalla en el espacio, justo sobre el planeta Tierra.
Durante la titánica batalla, Goku se transforma en un Súper Saiyan Dios, una forma incluso más allá de Súper Saiyan 3, gracias al poder de si mismo, de Vegeta, Gohan, Trunks, Goten y Pan (desde el interior de su madre, ya que no había nacido aún), cumpliendo la profecía, afirmada por el Pez Oráculo.
Está forma le da a Goku el poder de resistir a Bills, pero vuelve a ser Súper Saiyajin debido al limite de tiempo de la transformación. Sin embargo, aprende el sentimiento divino para transformase, lo que le permite usar el poder del Súper Saiyan Dios contra Bills. Bills gana y trata de destruir el planeta, pero se queda sin energía. Revela que Wiss es su maestro de artes marciales y que es más fuerte que él. También dice que hay doce universos, y el que Goku y sus amigos conocen es sólo uno de ellos. Wiss le da un golpe de karate a Bills y el Dios de la Destrucción se queda dormido. Wiss entonces dice que Bills despertará nuevamente en tres años y se lo lleva con él.